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Transcript Overview
Name | MDP0000423544 |
Unique Name | MDP0000423544 |
Type | mRNA |
Organism | Malus x domestica (Apple) |
Sequence length | 13736 |
Alignments
The following features are aligned
Analyses
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Relationships
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
MDP0000423544 | MDP0000423544 | Malus x domestica | polypeptide |
InterPro
Analysis Name: InterProScan of Malus x domestica Whole Genome v1.0 mRNA
Date Performed: 2012-07-23
IPR Term | IPR Description | Source | Source Term | Source Description | Alignment |
IPR000907 | Lipoxygenase | PANTHER | PTHR11771 | FAMILY NOT NAMED | coord: 132. |
IPR001024 | Lipoxygenase, LH2 | GENE3D | 2.60.60.20 | no description | coord: 106..266 score: 2.1 |
IPR001024 | Lipoxygenase, LH2 | PFAM | PF01477 | PLAT | coord: 153..244 score: 3.8 |
IPR001024 | Lipoxygenase, LH2 | SMART | SM00308 | Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain | coord: 102..246 score: 6.7 |
IPR001024 | Lipoxygenase, LH2 | PROFILE | PS50095 | PLAT | coord: 119..245 score: 25 |
IPR001246 | Lipoxygenase, plant | PRINTS | PR00468 | PLTLPOXGNASE | coord: 215..233 score: 1.7e-94coord: 241..262 score: 1.7e-94coord: 280..296 score: 1.7e-94coord: 313..332 score: 1.7e-94coord: 383..404 score: 1.7e-94coord: 431..447 score: 1.7e-94coord: 470..489 score: 1.7e-94coord: 536..560 score: 1.7e-94coord: 858..872 score: 1.7 |
IPR008976 | Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2 | SUPERFAMILY | 49723 | Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain) | coord: 102..249 score: 8.2 |
IPR013819 | Lipoxygenase, C-terminal | PRINTS | PR00087 | LIPOXYGENASE | coord: 583..600 score: 6.2e-24coord: 601..618 score: 6.2e-24coord: 621..641 score: 6.2 |
IPR013819 | Lipoxygenase, C-terminal | PFAM | PF00305 | Lipoxygenase | coord: 257. |
IPR013819 | Lipoxygenase, C-terminal | PROFILE | PS51393 | LIPOXYGENASE_3 | coord: 248..945 score: 314 |
IPR013819 | Lipoxygenase, C-terminal | SUPERFAMILY | 48484 | Lipoxigenase | coord: 250..945 score: 9e |
IPR020833 | Lipoxygenase, iron binding site | PROSITE | PS00711 | LIPOXYGENASE_1 | coord: 601..615 score |
IPR020834 | Lipoxygenase, conserved site | PROSITE | PS00081 | LIPOXYGENASE_2 | coord: 628..638 score |
None | No IPR available | GENE3D | 1.20.245.10 | no description | coord: 600..943 score: 1.4e |
None | No IPR available | GENE3D | 3.10.450.60 | no description | coord: 464..597 score: 2.6 |
None | No IPR available | GENE3D | 4.10.372.10 | no description | coord: 364..444 score: 5 |
None | No IPR available | GENE3D | 4.10.375.10 | no description | coord: 268..363 score: 2.9 |
None | No IPR available | PANTHER | PTHR11771:SF2 | LIPOXYGENASE | coord: 132. |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 312..325 score |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 2..15 score |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 39..51 score |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 75..86 score |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 12..34 score |
None | No IPR available | SEG | seg | seg | coord: 37..50 score |
Sequences
The
following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >MDP0000423544 ID=MDP0000423544; Name=MDP0000423544; organism=Malus x domestica; type=mRNA; length=13736bp ATGCTTGAAGAACAAAGCAACAAGTATCACAGAGACACAGACTTGAAGAA CAGAGCAACAAGTATCACAGAGACATGGAGACAGGTTATTCCTACTCTGA AACCATGTAGAATTTTTCAGGTCGACGGGCCGAGAGCCCACTCCAACAAC ACCGATATTGTCCCCACTTTACCACCTACCCAATCCGTCAGGTGTGAGWT TTTATCACAAAAAGTCCTCCATGTTAGTTAGAGTGGAGTAATTCTATTTA AATGCCTCTTTCTCCTTCCCTCTATCCGATGTGGGACAAATAGATTTCAA CACTCTCTAGCCCCAAGACCACCATGTCTCCTTAGCCGTCCTCCTCTAGG GTTTCTAATGCATTCTACATCCTCTTCCGTAATATCGTCTAATTCTTTAT TGTTGAAACTATTCCCTACCAAGAAAACGTTCTGACGAAAAGGATTAGCA TACAAATTGTAATTACTCAATCCAGTAGAATTGATTGTCGTATAATTACC AGATCCCTAGACTTTCAACATCCATGTAGGGAATTGCTGTTGCAGATCTC AAGGGTTGCAGTAAAATCAAAGGCCATTCCGTTGTAGGTGTGGCGTGGTA AAAAAAAATAATGGTGTTCACTATTTGTTTAACTTGAAAACATGACGCAA AATCACGTACAATGTTGTTTAAGTATTAATACAGCCGACTTCATTAATGA GATAATGTTTTTTTSTTGTTTTTCATGTTGTTTGCTCTATTTGTTTAACT TCATTGTWCTCGTGTTGTTGCATCTAGTTTTGAATAAGAGAGTACTAAAA ACTCAAAGTGTGGATGGAGTTGTTCCCAGAATTAGTTGTGCATTTTAGTC 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GTTTTCCCAGCTAGGTATGCCATGGAGCTGTCATCAGTTGTGTACAAGGA TTGGAATTTCACTGAGCAAGCTCTCCCTGCAGATCTCATCAAAAGGTAAA CAAAAAATCTATACTTTCAGACTTTGAATTGAATAAATCAAGAGAGAATC AAGGTGCATAAATAAATAGTGGTGTACAAGGAGAAAATGGGGAGCGGAAA TTATTTACCTTTGTAATAATATTCATTTCTTGTTCTAATCACATTGCCTT GGCTTTGATCAAAACAGAGGAGTGGCAGTTAAGGATAAAAATTCTCCACA CGGCCTTCGCCTACTGATTGAGGACTACCCGTATGCTGTTGATGGGATTG AAATCTGGTTTGCAATAAGAACATGGGTTGCAGACTACTGCTCTTTCTAC TACAAGACCGACGATATAATCCAGAAAGACGCCGAGCTCCAATCCTGGTG GAAGGAGCTAGTAGAAGAAGGCCACGGTGACAAAAAAGACGAGCCCTGGT GGCCAAAATTGCAGACTCTCGAAGTGCTAGTTGAAATCTGCACAACTATC ATATGGACTGCTTCTGCCCTCCATGCAGCTGTCAACTTCGGGCAGTACCC TTACGCCGGATACCTTCCCAACCGCCCTACTATAAGCCGAAAATTCATGC CCGTAAAGGGAACTGCTGAATACGAAGAGCTCAAGTCYAACCCCGACAAA GTGTTCTTGAAAACAATCACTGCTCAGCTGCAGACACTGCTTGGCATTTC CCTCATTGAAATTCTGTCAAGGCATTCTACTGACGAAGTGTACTTGGGGC AGCGAGACACGCCCGAGTGGACAGCAGACACTGCGCCATTGGAAGCATTC GACAAGTTTGGAAAGAAACTGGAGGAGATTGAGGAGAGGATTACAAGTAT GAACAATGGCGAGAAGTTGAAAAACCGCGTTGGACCGGTGAAGGTGCCTT ACACTTTGCTGTTTCCTACTAGCGGAGGGGGACTTACTGGCAAGGGAATT CCCAACAGTGTCTCAATTTAAAGCTTCTGTAGTATTAATTATTAGTTAAT TAGTATACTAAGCAAAGGTTAAATATGATTCTTTCTTTGTGTGATATGCT AGAAGTACGACCTAAAAATTGTGGGTGGAATAAAAGCCATGTAAATACAT TGGCTAACTGTTCAACATATATTTATAATGTATTACTGTAAGATCTCACA TCGCCCAGGGAAGTGATCCTTATATGTATATTCTCATCCCTACCTAGCAT GAGGCCTTTTGGGAGCTCACTAGCTTCGGGTTCCATCGGAACTCCGAAGT TAAGCGAGTAGCGCGTGAGAGCAATCCTATAATGGGTGACCTACTGGGAA GTTCTCGTCTGAGTTTCCAGAAACAAAACGTGAGGGCGTAGTCGGGGCCC AAAGCGGACAATATCGTGCTACGATGGTGGAGCAGGYCCGGGATGTGGTG GACCCTGGGTCGGGACGTGACAATTTGATATCATAG back to topprotein sequence of MDP0000423544 >MDP0000423544 ID=MDP0000423544; Name=MDP0000423544; organism=Malus x domestica; type=polypeptide; length=987bp MLEEQSNKYHRDTDLKNRATSITETWRQVIPTLKPCRIFQVDGPRAHSNN TDIVPTLPPTQSVRYHNSIXSLLNSCKAKQKNKMLQNIVEKLTGHQQNEN HGKINGTVVLMKKNVLDFNDFNASVLDRVHELVGQRVSLQLISAVHADDS ENGLKGKLGQPAYLEDWITTITPLTAGESAFKVTFDYEEEVGVPGAFLIK NNHHSEFFLKTVTLENVPGEGRVHFVCNSWVYPTEKYTKDRVFFVNKTYL PSETPLPLRKYIEEELVHLRGDGKGELQEWERVYDYAYYNDLGKPDKGAK YVRPILGGSSEYPYPRRGRTGRPPTKTDPNSESSLPLIQSLNIYVPRDER FGHLKLSDFLIYALKSIAQFIKPELESLFDQTPSEFDSFEDVFKLYEGGI PLPEGLLKDIGDNIPAEMLKEIFRTDGAQLLKFPTPQVIKEDKSAWRTDE EFAREMLAGVNPVNIARLQEFPPASKLDPKVYGDQNSTITEEHIKNNLDG LTVDEALKENKLFILDHHDSLMPYLRRINSTSNKIYGSRTLLFLQNDGTL KPLVIELSLPHPDGDQFGCISNVYTPAEQGVEGSIWQLAKAYVAVNDSGV HQLISHWLNTHAVSEPVVIATNRQLSVVHPIYKLLHPHFRDTMNINAFAR QILINAGGILETTVFPARYAMELSSVVYKDWNFTEQALPADLIKRGVAVK DKNSPHGLRLLIEDYPYAVDGIEIWFAIRTWVADYCSFYYKTDDIIQKDA ELQSWWKELVEEGHGDKKDEPWWPKLQTLEVLVEICTTIIWTASALHAAV NFGQYPYAGYLPNRPTISRKFMPVKGTAEYEELKSNPDKVFLKTITAQLQ TLLGISLIEILSRHSTDEVYLGQRDTPEWTADTAPLEAFDKFGKKLEEIE ERITSMNNGEKLKNRVGPVKVPYTLLFPTSGGGLTGKGIPNSFSSEFPET KREGVVGAQSGQYRATMVEQXRDVVDPGSGRDNLIS* back to topmRNA from alignment at chr4:19891141..19904876- Legend: CDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MDP0000423544 ID=MDP0000423544; Name=MDP0000423544; organism=Malus x domestica; type=mRNA; location=Sequence derived from: chr4:19891141..19904876- (Malus x domestica
back to topmRNA from alignment at MDC022765.172:7705..21440- Legend: CDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MDP0000423544 ID=MDP0000423544; Name=MDP0000423544; organism=Malus x domestica; type=mRNA; length=13736bp; location=Sequence derived from: MDC022765.172:7705..21440- (Malus x domestica ATGCTTGAAGAACAAAGCAACAAGTATCACAGAGACACAGACTTGAAGAA
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ATGGAACTTTGAAACCATTGGTGATCGAGTTGAGCTTGCCTCATCCTGAC
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ACTCCGGAGTCCATCAACTCATCAGCCACTGGTTGAACACTCATGCAGTG
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CATTTGCGAGGCAAATCCTCATCAATGCTGGCGGTATTCTTGAGACGACA
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GAAGGAGCTAGTAGAAGAAGGCCACGGTGACAAAAAAGACGAGCCCTGGT
GGCCAAAATTGCAGACTCTCGAAGTGCTAGTTGAAATCTGCACAACTATC
ATATGGACTGCTTCTGCCCTCCATGCAGCTGTCAACTTCGGGCAGTACCC
TTACGCCGGATACCTTCCCAACCGCCCTACTATAAGCCGAAAATTCATGC
CCGTAAAGGGAACTGCTGAATACGAAGAGCTCAAGTCYAACCCCGACAAA
GTGTTCTTGAAAACAATCACTGCTCAGCTGCAGACACTGCTTGGCATTTC
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AGCGAGACACGCCCGAGTGGACAGCAGACACTGCGCCATTGGAAGCATTC
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CCCAACAGTGTCTCAATTTAAAGCTTCTGTAGTATTAATTATTAGTTAAT
TAGTATACTAAGCAAAGGTTAAATATGATTCTTTCTTTGTGTGATATGCT
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TGGCTAACTGTTCAACATATATTTATAATGTATTACTGTAAGATCTCACA
TCGCCCAGGGAAGTGATCCTTATATGTATATTCTCATCCCTACCTAGCAT
GAGGCCTTTTGGGAGCTCACTAGCTTCGGGTTCCATCGGAACTCCGAAGT
TAAGCGAGTAGCGCGTGAGAGCAATCCTATAATGGGTGACCTACTGGGAA
GTTCTCGTCTGAGTTTCCAGAAACAAAACGTGAGGGCGTAGTCGGGGCCC
AAAGCGGACAATATCGTGCTACGATGGTGGAGCAGGYCCGGGATGTGGTG
GACCCTGGGTCGGGACGTGACAATTTGATATCATAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at MDC022765.172:7705..21440- >MDP0000423544 ID=MDP0000423544; Name=MDP0000423544; organism=Malus x domestica; type=CDS; length=2961bp; location=Sequence derived from: MDC022765.172:7705..21440- (Malus x domestica ATGCTTGAAGAACAAAGCAACAAGTATCACAGAGACACAGACTTGAAGAA CAGAGCAACAAGTATCACAGAGACATGGAGACAGGTTATTCCTACTCTGA AACCATGTAGAATTTTTCAGGTCGACGGGCCGAGAGCCCACTCCAACAAC ACCGATATTGTCCCCACTTTACCACCTACCCAATCCGTCAGGTATCACAA TAGCATATRTTCTTTGCTTAATTCGTGTAAAGCAAAGCAGAAGAACAAAA TGCTGCAGAATATCGTTGAGAAGCTCACAGGCCACCAGCAAAATGAGAAT CATGGAAAGATCAATGGGACTGTGGTGCTGATGAAGAAGAATGTTTTGGA CTTCAACGACTTCAACGCTTCTGTTCTCGATCGCGTGCATGAGTTGGTCG GCCAAAGGGTTTCTCTGCAGCTCATCAGTGCCGTTCATGCTGATGATTCC GAAAATGGATTGAAGGGGAAGCTTGGACAACCAGCTTATTTGGAAGACTG GATTACCACAATCACACCTTTAACAGCAGGAGAGTCTGCATTCAAGGTTA CATTTGACTATGAAGAGGAAGTAGGAGTTCCAGGAGCTTTCTTAATAAAA AACAACCACCACAGTGAGTTCTTCCTCAAGACCGTCACACTCGAAAATGT TCCCGGTGAGGGCCGTGTACACTTCGTTTGCAACTCTTGGGTGTACCCTA CTGAAAAATACACCAAAGACCGTGTTTTCTTCGTCAACAAGACTTATCTT CCAAGCGAGACACCATTGCCATTGCGAAAATACATAGAAGAAGAGCTAGT ACACTTGAGGGGAGATGGAAAAGGAGAGCTCCAAGAATGGGAAAGGGTTT ATGACTATGCTTACTACAATGATTTGGGGAAACCTGATAAGGGTGCCAAA TACGTCCGTCCTATTCTTGGAGGGTCTAGTGAGTACCCTTACCCTCGCCG TGGAAGAACTGGCCGACCACCAACTAAGACAGATCCTAACAGCGAGAGTA GTCTGCCGCTTATTCAGAGCTTAAACATCTACGTTCCAAGGGATGAAAGA TTTGGACACTTGAAGCTGTCAGACTTCCTTATTTATGCCCTGAAATCCAT AGCTCAGTTCATTAAACCGGAGCTAGAATCCTTGTTTGACCAAACTCCTA GCGAGTTTGACAGCTTTGAAGATGTGTTTAAGCTCTACGAAGGAGGCATT CCGTTGCCTGAAGGTTTATTGAAGGATATTGGAGACAACATCCCTGCGGA GATGCTGAAGGAAATTTTCCGAACTGATGGTGCACAATTGCTCAAATTCC CAACGCCTCAAGTGATCAAAGAGGATAAGTCTGCTTGGAGGACCGATGAA GAATTTGCAAGGGAAATGCTGGCTGGAGTGAACCCTGTCAACATTGCTCG TCTCCAAGAATTTCCGCCAGCAAGCAAGCTAGATCCAAAAGTTTACGGTG ATCAAAACAGTACAATAACCGAAGAACATATAAAGAACAACTTGGATGGA CTAACAGTGGATGAGGCACTCAAGGAAAACAAGTTATTCATACTAGACCA TCATGATTCACTGATGCCGTACCTGAGGCGGATAAACTCAACTTCGAACA AGATCTACGGTAGTAGAACTCTGCTGTTCTTGCAAAATGATGGAACTTTG AAACCATTGGTGATCGAGTTGAGCTTGCCTCATCCTGACGGAGATCAATT TGGTTGCATTAGTAATGTCTACACACCAGCTGAACAAGGTGTGGAAGGTT CCATATGGCAACTGGCTAAAGCTTAYGTGGCTGTCAATGACTCCGGAGTC CATCAACTCATCAGCCACTGGTTGAACACTCATGCAGTGAGTGAGCCAGT TGTAATTGCCACAAACAGGCAACTAAGCGTGGTTCACCCGATTTACAAAC TTCTGCATCCTCACTTCCGTGACACGATGAACATCAATGCATTTGCGAGG CAAATCCTCATCAATGCTGGCGGTATTCTTGAGACGACAGTTTTCCCAGC TAGGTATGCCATGGAGCTGTCATCAGTTGTGTACAAGGATTGGAATTTCA CTGAGCAAGCTCTCCCTGCAGATCTCATCAAAAGAGGAGTGGCAGTTAAG GATAAAAATTCTCCACACGGCCTTCGCCTACTGATTGAGGACTACCCGTA TGCTGTTGATGGGATTGAAATCTGGTTTGCAATAAGAACATGGGTTGCAG ACTACTGCTCTTTCTACTACAAGACCGACGATATAATCCAGAAAGACGCC GAGCTCCAATCCTGGTGGAAGGAGCTAGTAGAAGAAGGCCACGGTGACAA AAAAGACGAGCCCTGGTGGCCAAAATTGCAGACTCTCGAAGTGCTAGTTG AAATCTGCACAACTATCATATGGACTGCTTCTGCCCTCCATGCAGCTGTC AACTTCGGGCAGTACCCTTACGCCGGATACCTTCCCAACCGCCCTACTAT AAGCCGAAAATTCATGCCCGTAAAGGGAACTGCTGAATACGAAGAGCTCA AGTCYAACCCCGACAAAGTGTTCTTGAAAACAATCACTGCTCAGCTGCAG ACACTGCTTGGCATTTCCCTCATTGAAATTCTGTCAAGGCATTCTACTGA CGAAGTGTACTTGGGGCAGCGAGACACGCCCGAGTGGACAGCAGACACTG CGCCATTGGAAGCATTCGACAAGTTTGGAAAGAAACTGGAGGAGATTGAG GAGAGGATTACAAGTATGAACAATGGCGAGAAGTTGAAAAACCGCGTTGG ACCGGTGAAGGTGCCTTACACTTTGCTGTTTCCTACTAGCGGAGGGGGAC TTACTGGCAAGGGAATTCCCAACAGTTTCTCGTCTGAGTTTCCAGAAACA AAACGTGAGGGCGTAGTCGGGGCCCAAAGCGGACAATATCGTGCTACGAT GGTGGAGCAGGYCCGGGATGTGGTGGACCCTGGGTCGGGACGTGACAATT TGATATCATAG back to top
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Vocabulary: Biological Process
Term | Definition |
GO:0055114 | obsolete oxidation-reduction process |
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