JPsnpHou00528, JPsnpHou00528 (genetic_marker) Pyrus pyrifolia

Marker Overview


Name	JPsnpHou00528
dbSNP ID	N/A
Type	SNP
SNP Alleles	A/G
5' Flanking Sequence	CCCAAATTCATATGATGTCCGAATGGACTCCAATAGGTACATGCAATCCCAGAGTGCTGG AGGTGGGTTTCCACCTTATGGTTCTTCTGGGTATAGTGCACCCAGTTACGGGTATGGTCC TACCAGTAATGGAATTGGCTATGGCAGTTACGGAAGTTATGGAGGTACCAATACTGGTTA TGGAGGGCCAGCAGCTGCTGCATATGGAAACCCTAATGCCCCAAATGCCGGTTATGCTAG TGGTCCGCCAGGTGCCCCTAGAAGTTCGTGGAGCTCTCAAGCTCCCTCTGGATATGGTGC TATGGGTTATGGGAATACTGCTCCTTGGGGTGTTTCAAGCGGCAGTGCAGGTACAGGCAG TGGTGGCCCCGGTTCTGCACCTGCTGGTCAATCACCTAGTGCAGCGGCTGGGTATGGAAC TCAAGGTTATGGTTATGGTGGGTACAGTGGAACGGATGCGTCCTATGCAAATCCGTCTGG ATATGGAGCTGTTGGAGGACGTTCGGGGAGTGTCCCAAATAACAATGTTGGTGCTCCAGG TGGGGAGCAAGGTAGTACTGGTGGCTACGGTGGAAGTGGCTATGGCGATTCAAATGGAAA TGCAGGTTATGGAAATGCTGGTTGGAGATCTGATCCATCACAAGCTTCTGGAAATTATGG TGGTCAGGCAAATGGTGGACAAGTTGGTTATGGTGGTGGGTATGGAAGTGCTCAGGCACG ACAATCCCAGCAGCAGTAATTTTGATGGTTGACTGTTTCAATTGAAATTGCATCCT
3' Flanking Sequence	TTTTATGGATCTGTATCTCTTTATGCATGAGCTAGTAATGGTTTCTCTTGACGAGCGGCA GTAGCAAGAACAGCTCAAGTTGGATGACAATGCTTTGGGACTGGTTGGATTGCTTAAGTT CTAGTAGTTTGCAGTTTCTATTTTGGTAGCCTATAATAAATAGTATTTTAGTGCGCACTA GATGCTCCTATTTAATTTTTGCTTCTGAGTGGTGTTAAATTTGGCGTGCTTATAATTGTC TACAAGCTGCTAGTGGCATTTACCTTTTTGGCCGTAGTGTTAAAGCTAAAGTATTCTGTT GTTTGAAATCTTAAAAAAAAACCGAACCTCCCAACGGCACACAGGGGAGTAGG
Species	Pyrus pyrifolia
Publication	[view all]
Contact	Toshiya Yamamoto
Comment	SNP position in sequence: 777

Contact

Name

Details

Toshiya Yamamoto

First name:	Toshiya
Last name:	Yamamoto
Institution:	National Institute of Fruit Tree Science, Graduate School of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba
Address:	National Institute of Fruit Tree Science, 2-1 Fujimoto, Tsukuba, Ibaraki 305-8605, Japan
Country:	Japan
Email:	toshiya@affrc.go.jp
Last update:	Apr 2014

Publications


Year	Publication
2014	Terakami S, Nishitani C, Kunihisa M, Shirasawa K, Sato S, Tabata S, Kurita K, Kanamori H, Katayose Y, Takada N, Saito T, Yamamoto T. Transcriptome-based single nucleotide polymorphism markers for genome mapping in Japanese pear (Pyrus pyrifolia Nakai). Tree genetics & genomes. 2014; 10(4):853-863.

Map Positions


#	Map Name	Linkage Group	Bin	Position	Locus	MapViewer
1	Pear-integrated_consensus_map-IPCG-2017	LG16	N/A	114.36	JPsnpHou00528	View

Sequence

>JPsnpHou00528 ID=JPsnpHou00528; Name=JPsnpHou00528; organism=Pyrus pyrifolia; type=genetic_marker; length=1130bp
CCCAAATTCATATGATGTCCGAATGGACTCCAATAGGTACATGCAATCCC
AGAGTGCTGGAGGTGGGTTTCCACCTTATGGTTCTTCTGGGTATAGTGCA
CCCAGTTACGGGTATGGTCCTACCAGTAATGGAATTGGCTATGGCAGTTA
CGGAAGTTATGGAGGTACCAATACTGGTTATGGAGGGCCAGCAGCTGCTG
CATATGGAAACCCTAATGCCCCAAATGCCGGTTATGCTAGTGGTCCGCCA
GGTGCCCCTAGAAGTTCGTGGAGCTCTCAAGCTCCCTCTGGATATGGTGC
TATGGGTTATGGGAATACTGCTCCTTGGGGTGTTTCAAGCGGCAGTGCAG
GTACAGGCAGTGGTGGCCCCGGTTCTGCACCTGCTGGTCAATCACCTAGT
GCAGCGGCTGGGTATGGAACTCAAGGTTATGGTTATGGTGGGTACAGTGG
AACGGATGCGTCCTATGCAAATCCGTCTGGATATGGAGCTGTTGGAGGAC
GTTCGGGGAGTGTCCCAAATAACAATGTTGGTGCTCCAGGTGGGGAGCAA
GGTAGTACTGGTGGCTACGGTGGAAGTGGCTATGGCGATTCAAATGGAAA
TGCAGGTTATGGAAATGCTGGTTGGAGATCTGATCCATCACAAGCTTCTG
GAAATTATGGTGGTCAGGCAAATGGTGGACAAGTTGGTTATGGTGGTGGG
TATGGAAGTGCTCAGGCACGACAATCCCAGCAGCAGTAATTTTGATGGTT
GACTGTTTCAATTGAAATTGCATCCTrTTTTATGGATCTGTATCTCTTTA
TGCATGAGCTAGTAATGGTTTCTCTTGACGAGCGGCAGTAGCAAGAACAG
CTCAAGTTGGATGACAATGCTTTGGGACTGGTTGGATTGCTTAAGTTCTA
GTAGTTTGCAGTTTCTATTTTGGTAGCCTATAATAAATAGTATTTTAGTG
CGCACTAGATGCTCCTATTTAATTTTTGCTTCTGAGTGGTGTTAAATTTG
GCGTGCTTATAATTGTCTACAAGCTGCTAGTGGCATTTACCTTTTTGGCC
GTAGTGTTAAAGCTAAAGTATTCTGTTGTTTGAAATCTTAAAAAAAAACC
GAACCTCCCAACGGCACACAGGGGAGTAGG