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Marker Overview
Name | JPsnpHou00533 |
dbSNP ID | N/A |
Type | SNP |
SNP Alleles | T/C |
5' Flanking Sequence | GCACTGCTGGCATTACATCTGATGTTGCAGCGAGTGCTCTGGTTGGATTAGCAAATGTCT
TGGGCACAGCTGTTGCATCCTCATTGATGGACAAACAGGGAAGGAAAAGTCTTCTACTCA
CAAGCTTCGGTGGAATGGCTGCTTCGATGTTGCTGCTTTCACTGTCCTTTACATGGAAAG
CCCTTGCTCCATATTCTGCCCTCCTTTCTGTCGCTGGAACTGTTCTCTATGTATTGTCCT
TTTCACTTGGCGCCGGCCCTGTGCCTGCTCTTCTTCTACCAGAGATTTTTGCTTCAAGAA
TCAGAGCAAAAGCAGTTTCTTTGTCACTGGGCATGCACTGGATTTCAAACTTCGTCATAG
GCCTCTACTTCTTGAGCCTTGTAACTAAGTTCGGGATCGGCACAGTGTATTTTGGATTCG
CTGGCGTCTGCCTTCTGGCTGTCTTGTACATAGCTGGTAATGTTGTTGAAACGAAAGGTC
GTTCGTTGGAGGAAATAGAGCGTGCTCTTAGTGTTGTCACTTGATTACGATATGTTTCAA
ACTACGAGCAAAAATGTCCAGCAGCTTCGGATTTTGGCCTTAAGCACTGACAGCATCACC
TCCTTTTCCTGCTATGCGGA |
3' Flanking Sequence | TAGTTCATTCCCACCTCTTCAGGACTTGTATTTAGAGATCGAACCTTGATTGTAACCACA
TAAAATGGTGTCTATGGATTTCCATTACTGTAACACACTACCACCTTGGCGATGCAAATA
ATATTnTAGTTTCTACCATGAATTTTGGAACTCTTTGTAATTTCTCAGATCGAATGACTC
AGTACAGTGCCGTTAAACGGTGGGAGGTACCGATACAAGATGAATGAAAAGGTTTACGCT
GTTTAAGACAAAAAAAAAAAAAACGAAAACGAAGACNCGACGAACGACAACAC |
Species | Pyrus pyrifolia |
Publication | [view all] |
Contact | Toshiya Yamamoto
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Comment | SNP position in sequence: 621 |
Publications
Year | Publication |
2014 | Terakami S, Nishitani C, Kunihisa M, Shirasawa K, Sato S, Tabata S, Kurita K, Kanamori H, Katayose Y, Takada N, Saito T, Yamamoto T. Transcriptome-based single nucleotide polymorphism markers for genome mapping in Japanese pear (Pyrus pyrifolia Nakai). Tree genetics & genomes. 2014; 10(4):853-863. |
Sequence
>JPsnpHou00533 ID=JPsnpHou00533; Name=JPsnpHou00533; organism=Pyrus pyrifolia; type=genetic_marker; length=914bp GCACTGCTGGCATTACATCTGATGTTGCAGCGAGTGCTCTGGTTGGATTA GCAAATGTCTTGGGCACAGCTGTTGCATCCTCATTGATGGACAAACAGGG AAGGAAAAGTCTTCTACTCACAAGCTTCGGTGGAATGGCTGCTTCGATGT TGCTGCTTTCACTGTCCTTTACATGGAAAGCCCTTGCTCCATATTCTGCC CTCCTTTCTGTCGCTGGAACTGTTCTCTATGTATTGTCCTTTTCACTTGG CGCCGGCCCTGTGCCTGCTCTTCTTCTACCAGAGATTTTTGCTTCAAGAA TCAGAGCAAAAGCAGTTTCTTTGTCACTGGGCATGCACTGGATTTCAAAC TTCGTCATAGGCCTCTACTTCTTGAGCCTTGTAACTAAGTTCGGGATCGG CACAGTGTATTTTGGATTCGCTGGCGTCTGCCTTCTGGCTGTCTTGTACA TAGCTGGTAATGTTGTTGAAACGAAAGGTCGTTCGTTGGAGGAAATAGAG CGTGCTCTTAGTGTTGTCACTTGATTACGATATGTTTCAAACTACGAGCA AAAATGTCCAGCAGCTTCGGATTTTGGCCTTAAGCACTGACAGCATCACC TCCTTTTCCTGCTATGCGGAyTAGTTCATTCCCACCTCTTCAGGACTTGT ATTTAGAGATCGAACCTTGATTGTAACCACATAAAATGGTGTCTATGGAT TTCCATTACTGTAACACACTACCACCTTGGCGATGCAAATAATATTnTAG TTTCTACCATGAATTTTGGAACTCTTTGTAATTTCTCAGATCGAATGACT CAGTACAGTGCCGTTAAACGGTGGGAGGTACCGATACAAGATGAATGAAA AGGTTTACGCTGTTTAAGACAAAAAAAAAAAAAACGAAAACGAAGACNCG ACGAACGACAACAC
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