MDP0000553127, MDP0000553127 (mRNA) Malus spp. (apple)

Transcript Overview


Name	MDP0000553127
Unique Name	MDP0000553127
Type	mRNA
Organism	Malus x domestica (Apple)
Sequence length	9195

Alignments

The following features are aligned


Feature Name	Type	Location	Analysis	Reference
chr4	chromosome	chr4:16820215..16829409 -	Malus x domestica Whole Genome v1.0 Assembly & Annotation	n/a
MDC004757.363	contig	MDC004757.363:10618..19812 -	Malus x domestica Whole Genome v1.0 Assembly & Annotation	n/a

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Malus x domestica Whole Genome v1.0 Assembly & Annotation	2012-07-26
InterProScan of Malus x domestica Whole Genome v1.0 mRNA	2012-07-23

Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MDP0000553127_exon_1	MDP0000553127_exon_1	Malus x domestica	CDS
MDP0000553127_exon_2	MDP0000553127_exon_2	Malus x domestica	CDS
MDP0000553127_exon_3	MDP0000553127_exon_3	Malus x domestica	CDS
MDP0000553127_exon_4	MDP0000553127_exon_4	Malus x domestica	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MDP0000553127	MDP0000553127	Malus x domestica	polypeptide

InterPro

Analysis Name: InterProScan of Malus x domestica Whole Genome v1.0 mRNA
Date Performed: 2012-07-23


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR002198	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR	PRINTS	PR00080	SDRFAMILY	coord: 359..370 score: 1.9e-09coord: 417..425 score: 1.9e-09coord: 437..456 score: 1.9
IPR002198	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR	PFAM	PF00106	adh_short	coord: 287..454 score: 1.3
IPR002347	Glucose/ribitol dehydrogenase	PRINTS	PR00081	GDHRDH	coord: 288..305 score: 3.3e-35coord: 359..370 score: 3.3e-35coord: 411..427 score: 3.3e-35coord: 437..456 score: 3.3e-35coord: 458..475 score: 3.3e-35coord: 516..536 score: 3.3
IPR016040	NAD(P)-binding domain	GENE3D	3.40.50.720	no description	coord: 284..554 score: 1.1
None	No IPR available	PANTHER	PTHR24322	FAMILY NOT NAMED	coord: 284..552 score: 1.7
None	No IPR available	SUPERFAMILY	51735	NAD(P)-binding Rossmann-fold domains	coord: 282..551 score: 5.2
None	No IPR available	SEG	seg	seg	coord: 45..55 score
None	No IPR available	SEG	seg	seg	coord: 25..34 score
None	No IPR available	SEG	seg	seg	coord: 16..27 score
None	No IPR available	SEG	seg	seg	coord: 3..19 score

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence
protein sequence
mRNA from alignment at chr4:16820215..16829409-
mRNA from alignment at MDC004757.363:10618..19812-
coding sequence from alignment at MDC004757.363:10618..19812-

mRNA sequence

>MDP0000553127 ID=MDP0000553127; Name=MDP0000553127; organism=Malus x domestica; type=mRNA; length=9195bp
ATGGATAACGAAATATTTGAATGCTACTCAAGAGCCAAAGGAGGAAACGT
AAATGGGAAGCATTTGAGGAAAAGTATTACTAGGAGTTCTGAGGATTTTG
TTGCTCGGAAGCAACGGTGTGACACCGGTGCTTTCAAACAAGGTACTTTG
GTTGAAATAGCAAAAGCTGTCAATGTTTTATGTCCTCATTCAAATATAAA
GGCAAATCCACATATTGAGTCCAAGTTGAAGAAATGGAAAAAAACATATA
GTATGGTCGTTGACATGATAAACACAAGTGGATTTGCATGGAATGATGTC
AAAAAGTGCGTTGAAGTTGACAGTGATGACGCATGGCAAACTTATGTGCA
GGTTCATATCCTATTTTATTTATACATTAGTTATATTGTTGCTGCTATAT
TTGTTACGCATGCTAAATTTTAGTTTTGCTATGTTGATATAATCTTAGAG
AAATAAAGAAGCCGATGGATGGAGAAGCAAACCTTTTCCACTGTTTGATA
GATTTGCATATATATTTGGAAAAGATCGGGCTACGGGTAATGTAGCCGAA
ACCCCTGCTCAAATGGTGGAGGAACAAAGTCATGATCATGTTGGTGAAAG
TGATATTGGAGGTGAAAATTTTGTTTCTTCAATGAACCAACAAAGCCAAC
AAAGCACCCCATCTGAAAATAGCCAAAGAAAGAGGAAAAGAGCTGTGGGA
AGTTCAAGTGATGGAACCGAGGCAATTATCAGTGGACTGAAAGATTTTTA
TGTTGAAAGTGGGAATAGGATGCAAATGGTAACTGAAGCTTTAGTTCAAG
GTACTGCAGATCATACTGACATAGCTAATGAACTTGAAGCAATGGGTCTC
TCTCCTATGGATCAAATTGATGCATTGTTTCTTATTTTGGATAAACCAAA
AAATGTGGGAGTGTTCAGGGCAATCAAACCGGAACTCAAGAAAGTGTTCG
TCCAAAGGCTTTTAAGCGACAACGCAAGCGGATGAGGATTTTGGCTAATG
TTAACATTGATGTATTTTATTAATGTTAACATGGATGTATTTTATTAATC
ATACAATCTTATGTTATGGCTTATAACTTAGCTTTGCACTAGTATTTTGG
CTTATGTTAACTAGCCATTTTGTAAATTATGGAGATCTATTTTGGCTAAT
GTTAACTAATGTTAACTAGGATTTTCTAAATTATGGAGATCTTCTTATGT
ACTTGTATTTGTTGAAGTTGCATGTATTGGGCACTATTATTTTTCTTCTG
TTGGGTGATAGAGTTTAAACCAAGCTACATTTGCAAATTAAACCCAATTC
TATTAGCAGGTAATAGAAACAAAACAATTGTCAATTCTTTTTAAGATTCA
TAATATACATGGCAAAAATATGCTCCAATTAACCCATATCATGAGATTTG
TAGCATTACTCTATTACACAATGACAAAAATTTGTAGTCCTAGTCTAAGC
AAACACAAATCTGGTGAACAGTACTATTTTTCTTATCCTGCTTCTTAGTC
CGACATTACACCAAACGCTTCACTAAGTTAGTCCAGCTTAGTCCAGTCTA
AGCCAGTCCAGCTTAGTCCCGGCAGCTAGTCCAGTCCGAGACAGTCCGGC
GCAACAAACGCACCCTAAGTAGACTCAGCCAGTTAATCTTATTTGGGCTT
GAAATCTCCAAGATAATCAGAGAGAAATAAAATTAACTTATTGGATTGCT
AATGCGTAATTATTAAGACCCATTTAGTTTGACTTGACCATAGCACCAAC
ATCACTATTGCCAATTTCACCAGCATAGTATAGTGAAACCAAACTAAGTG
GGTTTTGATGATTACACATTAATAACTCAATAGGTTGATTTGTCCATCCA
AATAAAAGCTTGTGCAGAGGTTTTAGCTCCTCTCTCGTGCACTTAGAATT
GTAGTAAAAGACATACAAAAAGGAACATTAATGTTATGTTGTTTTAATAG
GATAGTGCTATTTTCACACTCATTTTTATCTCCCACATACTCTTGTTAAT
ATTTGACAATTGATTTTCTTCAATTCATTTGATCTGAATGTCAGAAATAG
AGAGGGGTATGTGAACAGTAAAATGGGTGTATGTATAACACTTCCCATAC
TAATATACAAATCATCATGCCTAAGAGTAAACAAATAAAAGAATTCTATA
GTTGGTTAATATAATTAATAATAACGTGGAATTAAAAAAAAAACATAACA
TTTCAAATGGAGTCAATGGTCCCCTTGCTCTTTTTTCCTTTTGGTTTTAT
GGGAACATGTACAAATCATGAATGGTGGTCTATTAGTTGAAAAGTATATC
ATTAGGAGCAATTACTCGTAAAGTATTGCTCAAAGTACCCAACTAATCAT
GTACATTGTACATAATGCATACTCCTTCAAGATTTGATGCATTAATTAGA
AAAAGAAATAGCAATAAGAACGATCATCGACGTTAGTCTTGTATATAAAA
AATACAGAGTCAGGGCCGACCCTCAAGAGAACGCAAATAAAAAATCATCG
GGTGTGGTCTTGTATATAAAAATTGTAATACTAGGGCTGGCCTGACCTTA
AAGAGAACGCAAATAAGAGATCATCGACTTTGGTTTTGTATATAAAAATA
CAGTGTTTGAATCAACTGGACTTTGAAAAGAACGCAAATAAGAGAGGCTA
CCCGCAGCATCTTATCTTGCTCTATTTATTTGCTACAGAAGTTCCATAAG
TAAATGACGACCCACAACGTAATCATAATTAGGAATAACTATTCATTTGC
GAATATGGTTTGTTTAATCCCTTGCTTTGGCTGCAAAACCATCATGGGAG
TTTTCAGTATAATATGTATCAGGAGAAATGTAAGGAGGTCAAATCTTTAA
TCTCCGCCACAAACTTTAATCTCAGGAGAAATATATAATTGGATTTGATA
TCCACACATTCCTTTTTATTTCTCTCACACTTTTTTAATTTTTGGCCATC
GGATTGGATAAATTGAAGAAGATCAAAAGATATAAATTAATAAAGGTATG
AGAGAAGTAAAAAGAGGTGTGTGAATAACACATTCCTATATAATATGTAA
CTTCATAGAATATAGAAGAAAATAATTTCATACGCTCATTGCATGAAACA
CGTGAAACTTTTTGTTTATATTTGTTATTTCAAATTTTTTATGGATCTTG
TTAATTAATGGATTGTGAAGAGAGAGAAAATTTTAATTGTGATGGGAACA
CAAGTGGTACATCACGTGTTTTAAAAATTTTATTTTTTAATTATTAAATT
TTTAGCACACATATCCCATAATTTGTATAGTGACACATAATGTATCATCC
CGTGTACCACTCCGTGTACTGTTTACATTGAAAAATTCCTCGTGAAGAGA
AAACACAAACAAGAACACATAATTCGTATGTTTTTGGTAAATGTGCCTCT
CAACTCTCTGAAAATTTAAATAGAATTCAATAACTTCTTTGGACGGTAAG
AAAACCTCTTTTGTTTAAACTTAAGATTACCACTCAAAGTATTTCCTTTG
TAAGTGTTGTTTTGGTTCTAAAATTTTTAAAGTCCTTAAAATTTATATTG
CAAAAGATAGACTTATTACTGTTTTGACATACTTCTACGTTACAGTATTG
ACAATTATTGAATTACGTAATCGATCAATAATCACCTCTTTAAATTCAAG
TCAAACATGCGAATTCAAACCAATTTCAACGGAAGTATTTTTCATTTTTT
CAATTTCTAACGTTTGACTTCAAGTTGTCTTGAATTGATCCAAAATCTCA
TGCATCTCGATATGGTATGGTGACTACTTACTGACTAGGTAGCATAGAAG
CCATCAGTCAGACCTGCAATTGGACCCGGATCTATATATTTAAGTTTACG
TAAACAATGATATGCAACATACGTACACGGACATAATTAAGGTTAATTTA
TCCAAATTAATTAAATACTAATTTAGTTGATCACTTTTGTTTTTTTTTCT
TTCTGGTCAAAATTGATGACTTCTACCTTGAAAAAAGCTAGCTGCAGTCT
TTGGTCATAAACTTGAGGCCTCTTCCGTGGTTACAAAATGTCATCGTGGC
CACCACTTTTCAAATAATATAGTATTTGGGGTTGTTGGATTAAATACCCC
ATTTTCTAATGGAAGCGAGGAAAGCACTTGGACGTAAAAAAATGGATCAG
ATTAGGCACCCAAACCGAAAGAGGAGCTTATTGGTTCTCTTCTCTTGTTA
AAACTTGCAAATTTTGGTAGCTACATTACACGTACGTCATTATATTTTCA
AATATTCCAAGGACTAAAAGTTAAAAAGCCTAGAGTACAGTCTGTATGGC
ATGGCTTTTTCATAAAAATACCAATTAGACCATTTCCAACCTAAGGGTCC
AGAGAATCAAAGGGTCGAAAATAGCCTGAAAAAATTGTTGAGTGGTCGAC
TCTGGTACCGGTAGAATCTAAATCTTATTACTTAAATCATGAAATCTTCT
CGGTTTTAATTTAACATAATTTACTGTCCTTTTGCGTACACAGAACCATT
AATATTGGCTAAACTAGAATCTAAATCTTGTTACTTCAATCAGGATATCT
TATACAGTTCTGCGTTTAAGTTTAATTTATTAGGCTTTAATCTTCATTTT
CTCCCATTTAGTAGGCATCTTATCAGTCGTAACTACTAATTAATCACACG
CCAGCACAGCTGGGGCCTCGTTGTATCTCATCTGCCAGCTGAAGCTATAA
ACAAATTCCCCAGTTCTTCACCTGCTCTGGTTCTTCTTCAATGCGATGTT
TTCTTCTTTCAGCAGGCACTTTCTTGCTTTCAATTCCACAAGGCAGAAAA
TTATAACATAATTATATGTAACTGGGACCAGAATTTTTCATTCAGAATGG
AGTTTGAAATTTTATATTTAAAATAGCAGACATGCAGCTGCAGATTCACC
TAACGAGCACTATTAGCTGTTTGACATTTTGAACAAACGATAGCTGGTTT
GTTTTGCATCACAAAATTAACAATGTATAAGAAGAAAAAATCATTAACTT
CTCATAACAATATCTAAATTGAGTCTAGATTATTGGACTTGTGAGATTTA
TGGCGCCTCTCACATCCTGTAATGTGACTTCATTCCTTAGCCCTTTTTAT
GGCCTTTGTATTCAGTCAAATTAAACAAATCTGAATTGGGATGAAGATTC
GAACTTGAGATCTCTTCCAACATTAGGAAGAAAAATATCACTAATTCGAC
CTAAAAAATTTGGCTATGTACAAGAAAAGACACAAAAGATTATTTCATTA
CTATAGTGTATGCTTTGCCATTATAATTGGCAGCTTAACTAGTAATAATT
AGCTAGTTGTAATATTTATTTGTTGAGATAAATGTTTCTTAATTCATACA
GATCTGCTACCACGGGCAAGGAATAGATGTACAAAAGTGAGGTGCATATT
TCTAAGGAAGTTACCTTGAAATAACACAAACAGACCTCTCTTGGAACCCA
CTCACCCTCATGCATATGTATGTCTCTACTGCCTATAAAACCCATTCTTT
CTTCACTGAACACCACATGCATATGTTTGTTTCTTTCTTCACAAACAGCC
CTCTCTTGTTAAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCC
CCGTGTTTATAGAGTTAGTTGCCAACCATGCCTGCCCAAGTTATGCCAGA
AAAAGCCCTTCATGGAATTCATGGATTGGGAAGGGACAACATTACTACTA
CTCCTCTTCCTAAAAGGCACTTTCTCCTCGATTCATTTTCTTAATTGTTA
CTAAAAGATGCCCAAAATGCACATACTTTCAGAACATTTTAATCCAATAT
TTTGCATGGGAAGAGTGCCAAATTGAAAAGAAAACAATTTTATTCATTGT
TAATTTACTTTTTATATAAATAAAATAGAGAACTAAGCGATATTAATTTC
AATTTCTCAGGTTGGATGGAAAAGTTGCTATAGTGACAGGTGGTGCTAGA
GGCATTGGAGAAGCAACAGTGAAGCTTTTTGCAAGGCATGGCGCCAAAGT
GGTCATTGCTGACGTGGAGGATGCAGTTGGCACAGCCCTAGCAAATTCCC
TGAGCCCTTCAGTTACATATGTTCACTGTGATGTTAGCTTGGAAGAAGAC
ATGGAAAACCTAATTGAATCAACAATCACCCGTTACGGGCAACTGGACAT
TATGTTCAACAATGCCGGGGTCCTCGGAAACCAGTCGAAACACAAGAGCA
TCATGAACTTCGATGTCGATGAATTTGATAGCGTAATGCGGGTGAATGTT
AGAGGAGCTGCATTGGGGATGAAGCATGCTGCAAGAGTGATGGTTGCTAG
AGGAATCGGCGGGTGCATAATTTCAACCGCAAGTGTAGCCGGAGTCACAG
GCGGGCTGGGGCCACATGGTTACACAGCTTCAAAGCATGCCATTGTAGGG
CTCACAAAGAACGCAGCTTGTGAATTGGGAAGGTACGGAATTAGGGTGAA
TTGCATTTCTCCGTTTGGGGTTGCCACGTCAATGCTGGTCAACGCTTGGA
GGATGAGTGGTGGTGATGAAGAAGATGCAGAGGAATGCATGGATTTAGTG
ATGCCTTGTGAGCAAGAAGTGGAGAAAATGGAAGAGTTTGTGAGAGGGCT
TGCAAATTTAAAAGGTCAAACTTTGAGGGCAAAAGACATAGCTGAGGCTG
CTCTTTATCTTGCTAGTGATGAATCCAAGTATGTCAGTGGTCATAACTTG
GTTGTGGATGGTGGAATCACCACTTCAAGGAATTGTGTTGGCTTGTAGCC
TAGCTTGTGTTTTCATTTTGTTTTTACCACATTTCATGGTGTGATTTTGT
ACAATCATAGATTAGGATCGAAAGGTTTGCCGTGTTTGGGTTTGTAGTAG
GGTTCATTTGTCAATTCTATATTCATCGAAATTCAAGTGTAAATTTTTGG
CGGTGACCAATTTGGTGGCTTGGTACTCAATCTCTTAATTTAGTAAGGTA
ATATGTAAAATGTAAAACTAGAAATTAGAACTTTGTTTAATGTATTTAAT
TATGAGATGGCATAATGTTTTAAGATGAAAAACTATATTCAAATTGCATT
GTCTTTTTCATTTGGCTTTTAGGGGGGAATGAGTCCATATACAACTACGA
CATCAGTTGTTCTCACGTATGCACATAACATTTACTAAATATTTTTATAT
TAATGTTAGTTATTCGCACGGTATGTTGATAATGACTATTGAGTAAATTT
ATGAAGTTATATCTTTTATCTCTATTTAATTAGGTCAATTCAAAAGCGTA
GCATTTTAAAATTTTGTGAACGAGGAATTCTTAAAAAAAAAAACCTCAAC
CAAAGAGAATTAAGTATCATTAACCCTACCTTCCCTAATGCAGTAAGCAC
TACAGCCATCCACTAGTATAGCATTACTTTTTTGGATTTGAATATATGAA
GAATATGGGATAAAGCCTAAAGGGGTGAGAAGATGTGCAAATTTATGTAT
CAAAGCTGTCATGGTCATGGTTTTGAAATTTTTGACATCTACATACGAGC
TGCACATGTGACCCATGAAGTTGAATGAATCAAAATTCAAACAAAGCCAT
TGATTCTGAAGAGCAATCGTAGGGGAAAAAGATAAGCTAATGACAGTCAG
GAAAGTTTGACAAAGTAAGTACAAGCAAACTGTATTCCCTAAAAATACTT
CGCCCATAGTTCGATATCAATTGTTTGTTTAAGAAAAGTTTGTCCCCACT
GTTATTATAAATTTTTTGAGAGTTTTAACGAACATTTCCGGTACTGTTCA
CTTTTAACGAAAATTCATATTTATACATTTTCCTGATACTATTAACTATA
CTTTTAAAAAATRKTTTTTTTTATTAAAATAGAAGTTTTTTTTGGACTTT
TCGTTAGTTTTCCTAAATTTTTTTCCGTAGAAAAACTTTCATACATTTGT
TACATGAGATGAGTGTTTTATATTTACTATACTATATGAGTAGCACATGA
TTAAGAACGTGTTACGTTCGTGACATTTAAATTAGTGCATGAAAGATTTT
ATCCGACAAATCTAGTTTTTTAGATAATTAATTACAAGTAAACGATCAAT
GAAAATCAATGGATGACTCGTACTACAAAGACAAAGTTCTCTATTGAAGA
ATATTATATTGCATGGAACTCCATTGCCGGATTCCCATTCTCACTCAAAT
TTCAAAAGCTATTCCATGATCCATGACTTTTTGCACCTTAAAACTTTTGA
CTCTCAGCGGAATATACGTGCACATATCAACCATTTCAGAACAAATGCTG
GCGGGCCCGTAACTGGACGACCAGGAATACGTCTGCTGTTGCGTTTAAAC
ATGAATATCTAACCTACTTTGATATCATGATGAAAATTGAAGTTTTATTA
TAAAATCAATTAACGATATAAGAAGCATCTGAGTAAAACATTTCTTTATA
TTCTCAATCTTCATAATGAAAATTGAAGTTTTATTATAAAATTAATTGAC
GATATAAGAAGTATCCGAATAAAACATTTCTTTATACTCTCAGTCTTCAG
CCTGGTACTAGAGAAATAATAAAATCCCGAAAGGTCATTTTGAACAGCTC
AATCATTGATAAAAAAAATTAGATAGACTTGCAAGGTGTCAATGTTCAAA
CATAACCACATCATGAGTTGTAAGATTTCTGTCTTGTTCCATTGTTCATC
GATCCAGGAGTAAGTTAAATTAAACACAGTGGGCTTCCCATTTTTTTAAT
ACGGAAACGTTTAAAGAAAAAATTTAACGAGGGCTGGAATCACTCGAAGC
TGGAGGAAAATGCGAGAAAATTACGAGAAATGTTGTGGTCCTTGTTGTAA
GTGAAGCTACTGGATTTGTTGAAATTTTTTACATTGTTTTGGAGCTTTCG
ATTTTGCTTAACTTTTTTTGTTTTCTCAGGAACCAAACAGAATGTTGAAT
TGTATAGGATAATAAAAATTCCGACTTTACCTAATTTAGTCCTTATAATC
TGTACAGCACACCCAAATTCCCAGAAACCCTAGGATGACAATACAATTAA
TTAAAAACAGGAACAGAAAATTAGGGAAATAAATTCGAAAAGTCGTTTGC
AAAGTGAAGCATACCTGATTCCCGAAGGTAACGAAAGACTAGGAAATTCA
ACTCGACGGAGGTGATGGAGGTCATCGTCGCAGAAGTCGCCGGCTTCAAT
GGCTGTGATGAGAGGTCTGCAAATCGTGCGGCCCAGTTTCAATGA

protein sequence of MDP0000553127

>MDP0000553127 ID=MDP0000553127; Name=MDP0000553127; organism=Malus x domestica; type=polypeptide; length=594bp
MDNEIFECYSRAKGGNVNGKHLRKSITRSSEDFVARKQRCDTGAFKQGTL
VEIAKAVNVLCPHSNIKANPHIESKLKKWKKTYSMVVDMINTSGFAWNDV
KKCVEVDSDDAWQTYVQRNKEADGWRSKPFPLFDRFAYIFGKDRATGNVA
ETPAQMVEEQSHDHVGESDIGGENFVSSMNQQSQQSTPSENSQRKRKRAV
GSSSDGTEAIISGLKDFYVESGNRMQMVTEALVQGTADHTDIANELEAMG
LSPMDQIDALFLILDKPKNVGVFRAIKPELKKVLDGKVAIVTGGARGIGE
ATVKLFARHGAKVVIADVEDAVGTALANSLSPSVTYVHCDVSLEEDMENL
IESTITRYGQLDIMFNNAGVLGNQSKHKSIMNFDVDEFDSVMRVNVRGAA
LGMKHAARVMVARGIGGCIISTASVAGVTGGLGPHGYTASKHAIVGLTKN
AACELGRYGIRVNCISPFGVATSMLVNAWRMSGGDEEDAEECMDLVMPCE
QEVEKMEEFVRGLANLKGQTLRAKDIAEAALYLASDESKYVSGHNLVVDG
GITTSRNCTRKFNSTEVMEVIVAEVAGFNGCDERSANRAAQFQ*

mRNA from alignment at chr4:16820215..16829409-

Legend: CDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>MDP0000553127 ID=MDP0000553127; Name=MDP0000553127; organism=Malus x domestica; type=mRNA; location=Sequence derived from: chr4:16820215..16829409- (Malus x domestica

mRNA from alignment at MDC004757.363:10618..19812-

Legend: CDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>MDP0000553127 ID=MDP0000553127; Name=MDP0000553127; organism=Malus x domestica; type=mRNA; length=9195bp; location=Sequence derived from: MDC004757.363:10618..19812- (Malus x domestica
ATGGATAACGAAATATTTGAATGCTACTCAAGAGCCAAAGGAGGAAACGT
AAATGGGAAGCATTTGAGGAAAAGTATTACTAGGAGTTCTGAGGATTTTG
TTGCTCGGAAGCAACGGTGTGACACCGGTGCTTTCAAACAAGGTACTTTG
GTTGAAATAGCAAAAGCTGTCAATGTTTTATGTCCTCATTCAAATATAAA
GGCAAATCCACATATTGAGTCCAAGTTGAAGAAATGGAAAAAAACATATA
GTATGGTCGTTGACATGATAAACACAAGTGGATTTGCATGGAATGATGTC
AAAAAGTGCGTTGAAGTTGACAGTGATGACGCATGGCAAACTTATGTGCA
GGTTCATATCCTATTTTATTTATACATTAGTTATATTGTTGCTGCTATAT
TTGTTACGCATGCTAAATTTTAGTTTTGCTATGTTGATATAATCTTAGAG
AAATAAAGAAGCCGATGGATGGAGAAGCAAACCTTTTCCACTGTTTGATA
GATTTGCATATATATTTGGAAAAGATCGGGCTACGGGTAATGTAGCCGAA
ACCCCTGCTCAAATGGTGGAGGAACAAAGTCATGATCATGTTGGTGAAAG
TGATATTGGAGGTGAAAATTTTGTTTCTTCAATGAACCAACAAAGCCAAC
AAAGCACCCCATCTGAAAATAGCCAAAGAAAGAGGAAAAGAGCTGTGGGA
AGTTCAAGTGATGGAACCGAGGCAATTATCAGTGGACTGAAAGATTTTTA
TGTTGAAAGTGGGAATAGGATGCAAATGGTAACTGAAGCTTTAGTTCAAG
GTACTGCAGATCATACTGACATAGCTAATGAACTTGAAGCAATGGGTCTC
TCTCCTATGGATCAAATTGATGCATTGTTTCTTATTTTGGATAAACCAAA
AAATGTGGGAGTGTTCAGGGCAATCAAACCGGAACTCAAGAAAGTGTTCG
TCCAAAGGCTTTTAAGCGACAACGCAAGCGGATGAGGATTTTGGCTAATG
TTAACATTGATGTATTTTATTAATGTTAACATGGATGTATTTTATTAATC
ATACAATCTTATGTTATGGCTTATAACTTAGCTTTGCACTAGTATTTTGG
CTTATGTTAACTAGCCATTTTGTAAATTATGGAGATCTATTTTGGCTAAT
GTTAACTAATGTTAACTAGGATTTTCTAAATTATGGAGATCTTCTTATGT
ACTTGTATTTGTTGAAGTTGCATGTATTGGGCACTATTATTTTTCTTCTG
TTGGGTGATAGAGTTTAAACCAAGCTACATTTGCAAATTAAACCCAATTC
TATTAGCAGGTAATAGAAACAAAACAATTGTCAATTCTTTTTAAGATTCA
TAATATACATGGCAAAAATATGCTCCAATTAACCCATATCATGAGATTTG
TAGCATTACTCTATTACACAATGACAAAAATTTGTAGTCCTAGTCTAAGC
AAACACAAATCTGGTGAACAGTACTATTTTTCTTATCCTGCTTCTTAGTC
CGACATTACACCAAACGCTTCACTAAGTTAGTCCAGCTTAGTCCAGTCTA
AGCCAGTCCAGCTTAGTCCCGGCAGCTAGTCCAGTCCGAGACAGTCCGGC
GCAACAAACGCACCCTAAGTAGACTCAGCCAGTTAATCTTATTTGGGCTT
GAAATCTCCAAGATAATCAGAGAGAAATAAAATTAACTTATTGGATTGCT
AATGCGTAATTATTAAGACCCATTTAGTTTGACTTGACCATAGCACCAAC
ATCACTATTGCCAATTTCACCAGCATAGTATAGTGAAACCAAACTAAGTG
GGTTTTGATGATTACACATTAATAACTCAATAGGTTGATTTGTCCATCCA
AATAAAAGCTTGTGCAGAGGTTTTAGCTCCTCTCTCGTGCACTTAGAATT
GTAGTAAAAGACATACAAAAAGGAACATTAATGTTATGTTGTTTTAATAG
GATAGTGCTATTTTCACACTCATTTTTATCTCCCACATACTCTTGTTAAT
ATTTGACAATTGATTTTCTTCAATTCATTTGATCTGAATGTCAGAAATAG
AGAGGGGTATGTGAACAGTAAAATGGGTGTATGTATAACACTTCCCATAC
TAATATACAAATCATCATGCCTAAGAGTAAACAAATAAAAGAATTCTATA
GTTGGTTAATATAATTAATAATAACGTGGAATTAAAAAAAAAACATAACA
TTTCAAATGGAGTCAATGGTCCCCTTGCTCTTTTTTCCTTTTGGTTTTAT
GGGAACATGTACAAATCATGAATGGTGGTCTATTAGTTGAAAAGTATATC
ATTAGGAGCAATTACTCGTAAAGTATTGCTCAAAGTACCCAACTAATCAT
GTACATTGTACATAATGCATACTCCTTCAAGATTTGATGCATTAATTAGA
AAAAGAAATAGCAATAAGAACGATCATCGACGTTAGTCTTGTATATAAAA
AATACAGAGTCAGGGCCGACCCTCAAGAGAACGCAAATAAAAAATCATCG
GGTGTGGTCTTGTATATAAAAATTGTAATACTAGGGCTGGCCTGACCTTA
AAGAGAACGCAAATAAGAGATCATCGACTTTGGTTTTGTATATAAAAATA
CAGTGTTTGAATCAACTGGACTTTGAAAAGAACGCAAATAAGAGAGGCTA
CCCGCAGCATCTTATCTTGCTCTATTTATTTGCTACAGAAGTTCCATAAG
TAAATGACGACCCACAACGTAATCATAATTAGGAATAACTATTCATTTGC
GAATATGGTTTGTTTAATCCCTTGCTTTGGCTGCAAAACCATCATGGGAG
TTTTCAGTATAATATGTATCAGGAGAAATGTAAGGAGGTCAAATCTTTAA
TCTCCGCCACAAACTTTAATCTCAGGAGAAATATATAATTGGATTTGATA
TCCACACATTCCTTTTTATTTCTCTCACACTTTTTTAATTTTTGGCCATC
GGATTGGATAAATTGAAGAAGATCAAAAGATATAAATTAATAAAGGTATG
AGAGAAGTAAAAAGAGGTGTGTGAATAACACATTCCTATATAATATGTAA
CTTCATAGAATATAGAAGAAAATAATTTCATACGCTCATTGCATGAAACA
CGTGAAACTTTTTGTTTATATTTGTTATTTCAAATTTTTTATGGATCTTG
TTAATTAATGGATTGTGAAGAGAGAGAAAATTTTAATTGTGATGGGAACA
CAAGTGGTACATCACGTGTTTTAAAAATTTTATTTTTTAATTATTAAATT
TTTAGCACACATATCCCATAATTTGTATAGTGACACATAATGTATCATCC
CGTGTACCACTCCGTGTACTGTTTACATTGAAAAATTCCTCGTGAAGAGA
AAACACAAACAAGAACACATAATTCGTATGTTTTTGGTAAATGTGCCTCT
CAACTCTCTGAAAATTTAAATAGAATTCAATAACTTCTTTGGACGGTAAG
AAAACCTCTTTTGTTTAAACTTAAGATTACCACTCAAAGTATTTCCTTTG
TAAGTGTTGTTTTGGTTCTAAAATTTTTAAAGTCCTTAAAATTTATATTG
CAAAAGATAGACTTATTACTGTTTTGACATACTTCTACGTTACAGTATTG
ACAATTATTGAATTACGTAATCGATCAATAATCACCTCTTTAAATTCAAG
TCAAACATGCGAATTCAAACCAATTTCAACGGAAGTATTTTTCATTTTTT
CAATTTCTAACGTTTGACTTCAAGTTGTCTTGAATTGATCCAAAATCTCA
TGCATCTCGATATGGTATGGTGACTACTTACTGACTAGGTAGCATAGAAG
CCATCAGTCAGACCTGCAATTGGACCCGGATCTATATATTTAAGTTTACG
TAAACAATGATATGCAACATACGTACACGGACATAATTAAGGTTAATTTA
TCCAAATTAATTAAATACTAATTTAGTTGATCACTTTTGTTTTTTTTTCT
TTCTGGTCAAAATTGATGACTTCTACCTTGAAAAAAGCTAGCTGCAGTCT
TTGGTCATAAACTTGAGGCCTCTTCCGTGGTTACAAAATGTCATCGTGGC
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AATATTCCAAGGACTAAAAGTTAAAAAGCCTAGAGTACAGTCTGTATGGC
ATGGCTTTTTCATAAAAATACCAATTAGACCATTTCCAACCTAAGGGTCC
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TCTGGTACCGGTAGAATCTAAATCTTATTACTTAAATCATGAAATCTTCT
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AATATTGGCTAAACTAGAATCTAAATCTTGTTACTTCAATCAGGATATCT
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CTCCCATTTAGTAGGCATCTTATCAGTCGTAACTACTAATTAATCACACG
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CAAAGCTGTCATGGTCATGGTTTTGAAATTTTTGACATCTACATACGAGC
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GCGGGCCCGTAACTGGACGACCAGGAATACGTCTGCTGTTGCGTTTAAAC
ATGAATATCTAACCTACTTTGATATCATGATGAAAATTGAAGTTTTATTA
TAAAATCAATTAACGATATAAGAAGCATCTGAGTAAAACATTTCTTTATA
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GATCCAGGAGTAAGTTAAATTAAACACAGTGGGCTTCCCATTTTTTTAAT
ACGGAAACGTTTAAAGAAAAAATTTAACGAGGGCTGGAATCACTCGAAGC
TGGAGGAAAATGCGAGAAAATTACGAGAAATGTTGTGGTCCTTGTTGTAA
GTGAAGCTACTGGATTTGTTGAAATTTTTTACATTGTTTTGGAGCTTTCG
ATTTTGCTTAACTTTTTTTGTTTTCTCAGGAACCAAACAGAATGTTGAAT
TGTATAGGATAATAAAAATTCCGACTTTACCTAATTTAGTCCTTATAATC
TGTACAGCACACCCAAATTCCCAGAAACCCTAGGATGACAATACAATTAA
TTAAAAACAGGAACAGAAAATTAGGGAAATAAATTCGAAAAGTCGTTTGC
AAAGTGAAGCATACCTGATTCCCGAAGGTAACGAAAGACTAGGAAATTCA
ACTCGACGGAGGTGATGGAGGTCATCGTCGCAGAAGTCGCCGGCTTCAAT
GGCTGTGATGAGAGGTCTGCAAATCGTGCGGCCCAGTTTCAATGA

Coding sequence (CDS) from alignment at MDC004757.363:10618..19812-

>MDP0000553127 ID=MDP0000553127; Name=MDP0000553127; organism=Malus x domestica; type=CDS; length=1782bp; location=Sequence derived from: MDC004757.363:10618..19812- (Malus x domestica
ATGGATAACGAAATATTTGAATGCTACTCAAGAGCCAAAGGAGGAAACGT
AAATGGGAAGCATTTGAGGAAAAGTATTACTAGGAGTTCTGAGGATTTTG
TTGCTCGGAAGCAACGGTGTGACACCGGTGCTTTCAAACAAGGTACTTTG
GTTGAAATAGCAAAAGCTGTCAATGTTTTATGTCCTCATTCAAATATAAA
GGCAAATCCACATATTGAGTCCAAGTTGAAGAAATGGAAAAAAACATATA
GTATGGTCGTTGACATGATAAACACAAGTGGATTTGCATGGAATGATGTC
AAAAAGTGCGTTGAAGTTGACAGTGATGACGCATGGCAAACTTATGTGCA
GAGAAATAAAGAAGCCGATGGATGGAGAAGCAAACCTTTTCCACTGTTTG
ATAGATTTGCATATATATTTGGAAAAGATCGGGCTACGGGTAATGTAGCC
GAAACCCCTGCTCAAATGGTGGAGGAACAAAGTCATGATCATGTTGGTGA
AAGTGATATTGGAGGTGAAAATTTTGTTTCTTCAATGAACCAACAAAGCC
AACAAAGCACCCCATCTGAAAATAGCCAAAGAAAGAGGAAAAGAGCTGTG
GGAAGTTCAAGTGATGGAACCGAGGCAATTATCAGTGGACTGAAAGATTT
TTATGTTGAAAGTGGGAATAGGATGCAAATGGTAACTGAAGCTTTAGTTC
AAGGTACTGCAGATCATACTGACATAGCTAATGAACTTGAAGCAATGGGT
CTCTCTCCTATGGATCAAATTGATGCATTGTTTCTTATTTTGGATAAACC
AAAAAATGTGGGAGTGTTCAGGGCAATCAAACCGGAACTCAAGAAAGTGT
TGGATGGAAAAGTTGCTATAGTGACAGGTGGTGCTAGAGGCATTGGAGAA
GCAACAGTGAAGCTTTTTGCAAGGCATGGCGCCAAAGTGGTCATTGCTGA
CGTGGAGGATGCAGTTGGCACAGCCCTAGCAAATTCCCTGAGCCCTTCAG
TTACATATGTTCACTGTGATGTTAGCTTGGAAGAAGACATGGAAAACCTA
ATTGAATCAACAATCACCCGTTACGGGCAACTGGACATTATGTTCAACAA
TGCCGGGGTCCTCGGAAACCAGTCGAAACACAAGAGCATCATGAACTTCG
ATGTCGATGAATTTGATAGCGTAATGCGGGTGAATGTTAGAGGAGCTGCA
TTGGGGATGAAGCATGCTGCAAGAGTGATGGTTGCTAGAGGAATCGGCGG
GTGCATAATTTCAACCGCAAGTGTAGCCGGAGTCACAGGCGGGCTGGGGC
CACATGGTTACACAGCTTCAAAGCATGCCATTGTAGGGCTCACAAAGAAC
GCAGCTTGTGAATTGGGAAGGTACGGAATTAGGGTGAATTGCATTTCTCC
GTTTGGGGTTGCCACGTCAATGCTGGTCAACGCTTGGAGGATGAGTGGTG
GTGATGAAGAAGATGCAGAGGAATGCATGGATTTAGTGATGCCTTGTGAG
CAAGAAGTGGAGAAAATGGAAGAGTTTGTGAGAGGGCTTGCAAATTTAAA
AGGTCAAACTTTGAGGGCAAAAGACATAGCTGAGGCTGCTCTTTATCTTG
CTAGTGATGAATCCAAGTATGTCAGTGGTCATAACTTGGTTGTGGATGGT
GGAATCACCACTTCAAGGAATTGTACTAGGAAATTCAACTCGACGGAGGT
GATGGAGGTCATCGTCGCAGAAGTCGCCGGCTTCAATGGCTGTGATGAGA
GGTCTGCAAATCGTGCGGCCCAGTTTCAATGA

Annotated Terms

The following terms have been associated with this mRNA:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR002198	DH_sc/Rdtase_SDR
IPR002347	SDR_fam
IPR016040	NAD(P)-bd_dom

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0008152	metabolic process

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0016491	oxidoreductase activity
GO:0000166	nucleotide binding